Il progetto adotta la metodologia del transetto di Pollard, utilizzata dal network europeo eBMS (European Butterfly Monitoring Scheme) per il monitoraggio standardizzato di farfalle e, più recentemente, di altri insetti impollinatori selvatici. Il metodo prevede la definizione di un percorso fisso di 500–1000 metri, da percorrere con cadenza regolare durante la stagione di volo, registrando numero e specie di individui osservati. Su indicazione della Commissione Europea, la metodologia è stata estesa a apoidei selvatici e ditteri sirfidi, per armonizzare il censimento dei principali insetti impollinatori.
L’adozione e l’armonizzazione di un metodo di rilevamento comune a tutte le strutture partner del progetto è garantita dalla presenza, come partner associato, di Butterfly Conservation Europe, che coordina la rete eBMS.
Congiuntamente al monitoraggio entomologico, Zoo LIFE Pollinators prevede in cinque punti fissi di 4 m² lungo il transetto, di ciascun partner, rilievi fitosociologici e il conteggio delle unità fiorali entomogame, valutare lo stato e l’efficacia degli interventi di ripristino ecologico.